Tương truyền, một vị vua khi đi đánh giặc qua đây có nghỉ lại một đêm trên bến Trường Châu bờ phải sông Mã (nay thuộc xã Yên Thọ). Trong giấc chiêm bao, vua được một vị thần xưng là thần núi Đồng Cổ báo mộng rằng dưới chân núi có trống đồng cổ, đào lên dùng tiếng trống làm linh khí đuổi giặc. Khi vua tỉnh giấc còn nghe tiếng chuông đồng vọng từ ngôi đền dưới chân ba ngọn núi. Nhà vua làm theo những điều mà sơn thần nơi đây báo mộng. Quân giặc nghe tiếng trống đồng âm vang đã sợ khiếp vía và rút chạy. Từ đó, nơi ba ngọn núi đá chụm đầu vào nhau, tạo thế đoàn kết như kiềng ba chân, đã trở nên linh thiêng.

Công trình kiến trúc nằm trong khu vực Đền

Lịch sử ngôi đền ở Thượng Điện đã ghi: “Miếu Đồng Cổ được khởi dựng từ thời Hùng Vương (2569 – trước Công nguyên), đến thời Lý (1020) miếu được sửa sang lại, sang thời Lê - Trịnh (1630), miếu được xây dựng khang trang, to đẹp hơn… Miếu thờ thần núi Đồng Cổ rất hiển linh, vị thần đã giúp các triều đại đánh thắng giặc ngoại xâm và diệt trừ phản loạn: Giúp Vua Hùng đánh thắng giặc Hồ Tôn; giúp Vua Lý đánh thắng giặc Chiêm và diệt trừ phản loạn; giúp Vua Lê - Chúa Trịnh đánh tan nghịch Mạc; các đời Đinh, Lý, Trần, Lê thờ cúng đều ứng nghiệm, giúp việc giữ gìn đất nước…”.

Vốn là nơi diễn ra các nghi lễ của các triều đại vua chúa nước ta nên trong đền còn lưu giữ rất nhiều thần tích, sắc phong của các triều đại. Các vương triều Trần, Lê, Trịnh - Nguyễn vẫn duy trì các nghi thức quốc lễ tại đền Đồng Cổ ở Yên Định (Thanh Hóa) và phường Bưởi (Hà Nội). Theo những người cao tuổi trong làng Đan Nê, đền Đồng Cổ từng có 38 gian, bề thế tựa lưng vào Tam Thái Sơn (hay còn gọi là dãy núi Đổng), bao quanh đền là rừng cây nguyên sinh rậm rạp, nhiều cây to, có nhiều chim, thú. Qua biết bao thăng trầm biến đổi, nay chỉ còn những ngọn núi đá với cây mọc tái sinh tầng thấp. Đền có Nghi môn gồm 3 tầng, 8 mái, mang phong cách kiến trúc thế kỷ 15 (thời Lê), được ghép bằng những khối đá vuông vức, cuốn thành vòm tò vò.

Theo những bậc đá lên đến ngôi miếu cổ trên núi Xuân, du khách có thể thu vào tầm mắt phong cảnh của dòng sông Mã giữa đôi bờ bạt ngàn những ruộng ngô xanh mướt, xa xa phía bên kia sông là Thành Nhà Hồ cổ kính, trường tồn cùng thời gian. Trước đền, hồ Bán Nguyệt như một tấm gương soi mây trời lồng bóng núi.

Thời kháng chiến chống Pháp, hang động Ích Minh trong lòng ngọn núi Tam Thái Sơn là xưởng sản xuất vũ khí của quân đội ta, trong hang còn ghi dấu vỏ bom và những vũ khí tự tạo. Khi quân Pháp phát hiện ra chúng đã cho máy bay ném bom phá đền Đồng Cổ. Ngôi đền chỉ còn lại nền móng, hai tấm bia, miếu nhỏ lưng chừng đỉnh núi Xuân, và chiếc cổng Nghi môn nằm ở phía tây ngôi đền. Đến thời kỳ kháng chiến chống Mỹ cứu nước, một nhà máy điện cũng sơ tán về đây, sản xuất điện phục vụ kháng chiến ngay trong lòng hang Nội ở ngọn núi bên trái ngôi đền.

Ngày nay, ở phường Bưởi (Tây Hồ, Hà Nội) có một ngôi đền cũng mang tên Ðồng Cổ. Vì xưa kia, vua Lý Thái Tông cho rước thần Ðồng Cổ từ Ðan Nê về lập đàn thề trên đất Thăng Long, phong cho thần chức quan "chủ trì việc thề trong cả nước". Và cứ đến ngày 4/4 hàng năm, nhà vua và các quan trong triều lại đến đền thề trước thần Ðồng Cổ: "Làm tôi bất trung, làm con bất hiếu - thần linh tru diệt...". Dân ta thường gặp chuyện gì rắc rối cũng đến đó thề trước thần Ðồng Cổ.

Năm 2010, với ý nghĩa lịch sử và giá trị tâm linh sâu sắc Di tích đền Đồng Cổ ở làng Đan Nê, xã Yên Thọ (Yên Định, Thanh Hóa) được Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội gắn biển công trình kỷ niệm 1000 năm Thăng Long- Hà Nội.

             Đây thực sự là Di tích lịch sử - văn hóa có giá trị đặc biệt với người dân Việt Nam, nó thể hiện rõ tâm linh hướng thiện và tâm thức về nguồn, vọng ngưỡng lòng trung thành, yêu nước của người Việt Nam, phát huy những giá trị tiếp nối truyền thống thượng võ của dân tộc ta. Đây cũng là điểm tham quan, thưởng ngoạn và thắp hương cầu nguyện của du khách trong và ngoài nước mỗi dịp xuân về.